Структура ГГИ

1. Отдел мониторинга и экспедиционных исследований
1.1. Лаборатории наносов и эрозии  (ГЭБ ГГИ)
1.2. Лаборатория цифровой картографии
1.3. Экспедиционный отряд

2. Отдел гидрологических приборов

3. Отдел метрологии и стандартизации

4. Отдел речного стока и водохозяйственных проблем

5. Отдел экспериментальной гидрологии и моделирования гидрологических процессов

5.1. Группа гидрологии болот (ГЭБ ГГИ)
5.2. Лаборатория моделирования гидрологических процессов

5.3. Зеленогорская полевая экспериментальная база (ГЭБ ГГИ)

6. Отдел гидроэкологических исследований
6.1. Лаборотория качества вод

7. Отдел исследований изменений климат

8. Отдел русловых процессов
8.1. Лаборатория прогнозов русловых деформаций и мониторинга

8.2. Русловая лаборатория (ГЭБ ГГИ)
8.3. Лаборатория методов расчетов и прогнозов русловых деформаций

9. Отдел гидрофизики

10. Лаборатория водных ресурсов и баланса вод

11. Лаборатория дистанционных методов и геоинформационных систем

12. Информационно-аналитический центр ГВК

13. Группа обеспечения международных обязательств

14. Отдел гидрометрии и гидрологической сети

15. Лаборатория развития государственной гидрологической сети (ЛРГС)

16. Отдел научно-технической информации (ОНТИ)
16.1 Научная библиотека